Haddad et al, 2017. Anchored hybrid enrichment provides new insights intothe phylogeny and evolution of longhorned beetl

[Miłosz Mazur]

https://www.researchgate.net/publicatio ... rambycidae

[Rafał Celadyn]

Stephanie kiedyś poprosiła mnie o wykorzystanie fotki O.taurus do takiej zbiorowej pracy może kogoś zaciekawi
https://genomebiology.biomedcentral.com ... 016-1088-8

Rafał

[Orish]

Interesujące. Na razie przejrzałem tylko pobieżnie, ale patrząc na Fig. 1a nie jestem pewien czy przedstawia ono Cerambyx cerdo...

[Jacek Kurzawa]

Miłosz, dzieki za info!
No tak, rzeczywiscie to C.scopolii. To drobiazg na poziomie tej pracy pomijalny.

Wygląda na to, że nadchodzi przełom w konstruowaniu drzew filogenetycznych dużych grup za pomocą badań DNA, dzięki obniżeniu kosztów i zastosowaniu nowych metod. Miłosz, siedzisz w tym na codzień, mógłbyś nieco przybliżyć temat, co się dzieje?

Podstawą do zrozumienia metody jest jak mi się zdaje z dość pobieżnej lektury ta praca:
Lemmon et al., 2012. Anchored Hybrid Enrichment for Massively High-Throughput Phylogenomics
https://www.researchgate.net/publicatio ... logenomics

[Miłosz Mazur]

Ja niespecjalnie siedzę w filogenezie molekularnej, bardziej w genetyce populacyjnej.

Sprawa jest generalnie prosta, cechami są sekwencje, a nie cechy morfologiczne.
Generalnie teraz to wszystko obrabiają programy komputerowe. Wypluwają ileś tam drzew i wybierasz takie jakie ci pasuje

Dla mnie konstruowanie w ten sposób filogenezy jest nieco na wyrost. Żeby określić pozycję całej grupy z tysiącami gatunków na podstawie sekwencji jednego gatunku... Jakoś mi to nie pasuje.
Robić coś takiego dla rodzaju, z analizą wszystkich (albo reprezentacyjnej liczby) gatunków to jest bardziej ok.
Optymalnie byłoby analizować całe genomy, ale to na razie potwornie drogie i robi się to dla małych grup.
Jednak żeby taka analiza miała sens to musi być przy tym osoba, która ogarnia taksonomię jako taką i cechy morfo, a niestety genetycy to bardzo często laicy i ignoranci w tym temacie.

Chyba najbardziej zaawansowanym obecnie projektem tego typu jest 1KITE, sporo prac wychodzi w jego ramach.
Zainteresowanych odsyłam do strony,
http://www.1kite.org/index.html

[Jacek Kurzawa]

Żeby określić pozycję całej grupy z tysiącami gatunków na podstawie sekwencji jednego gatunku... Jakoś mi to nie pasuje.

Akurat tu nie dostrzegam problemów. Wychodząc z założeń, a jakieś muszą być, że członek grupy jest jednocześnie jej przedstawicielem (antyteza byłaby taka, że członek grupy nie posiada cech grupy ale wtedy nie należałby do niej, tak więc nie ma takiej możliwości) to branie pod rozwagę jednego gtunku dla grupy (plemię, podrodzina) nie wydaje się być błedem (o ile mi się dobrze wydaje). Chociaż bywa to różnie np gdyby wybrać na wyrywki z Cerambycinae przedstawicieli dla podrodziny.... np Molorchini, Obrini czy Stenopterini to jest kanał, bo kopulatory odbiegają znacznie od standardowej budowy w tej podrodzinie. W genetyce może być podobna sytuacja.

Jednak żeby taka analiza miała sens to musi być przy tym osoba, która ogarnia taksonomię jako taką i cechy morfo

Ci Autorzy akurat znają dobrze Chrysomeloidea.

[Markus]

W taki właśnie sposób, poprzez wybieranie jednego gatunku jako reprezentatywnego dla całej większej grupy i arbitralne wybieranie drzewa filogenetycznego spieprzono systematykę Notodontidae. Wprawdzie na podstawie cech morfologicznych, ale z genami może być podobnie. Autor wybrał takie gatunki, do jakich miał dostęp, przyjął ich cechy (włącznie z cechami aparatów kopulacyjnych!) jako cechy rodzaju, potem te wyimaginowane cechy rodzaju za cechy podrodziny itd...
Pozdrawiam,
Markus

[L. Borowiec]

"spieprzono systematykę Notodontidae"

A kto i jakimi metodami zrobił falsyfikację tej klasyfikacji i dlaczego jego miałaby być lepsza? Nie znam tych prac, ale byłbym ostrożny w wyciąganiu takich wniosków. Generalnie, zawsze jest problem z doborem gatunków do badań filogenetycznych. Wybieramy bowiem taksony na podstawie już istniejącej klasyfikacji, która może być błędna, no i ograniczeniem jest jakość samego materiału do badań genetycznych (czasami te kluczowe gatunki dla analizy nie są dostępne do takich badań lub mają zbyt zdegradowane DNA). Oczywiście, najlepiej jest jak wybieramy maksymalnie dużo gatunków i możliwie najbardziej różnorodne, i raczej losowo, nie patrząc na obecną klasyfikację. Ale na to mogą sobie pozwolić tylko duże laboratoria z mnóstwem kasy.

Po drugie, proszę pamiętać, że sama analiza i obróbka materiału (sekwencji) to już skomplikowana praca oparta na matematycznej analizie i zaawansowanej statystyce. Algorytmy takich programów nie do końca łapią niuanse ewolucji biologicznej, chociaż z roku na rok jakość tych programów się poprawia. Ale ciągle takie zjawiska jak homoplazje i ich częstość na poziomie molekularnym są trudnym problemem merytorycznym. Im wyżej idzie klasyfikacja (tzn. od porządkowania gatunków na poziomie rodzaju, do klasyfikacji na poziomie np. rodzin) tym błędy wynikające z samej konstrukcji programów stają się potencjalnie większe, gdyż upływ czasu od potencjalnego przodka do współczesnych gatunków zwielokratnia prawdopodobieństwo powstania takich zjawisk jak rewersje, infekcje DNA mikroorganizmami, ewolucje siateczkowe w wyniku hybrydyzacji itd. Poza tym, samo sekwencjonowanie DNA nie daje 100% prawidłowego wyniku, gdyż pewien procent błędu jest w samych metodach (dwie metody zastosowane przy sekwencjonowaniu genomu człowieka nie dały identycznych wyników).

Jednak takie analizy na długich sekwencjach DNA na pewno zbliżają nas do lepszej (tzn. bardziej monofiletycznej) klasyfikacji niż czyste metody oparte na analizie morfologicznej. Ideałem jest, jaki piszecie, żeby w zespole analizującym był zarówno wybitny systematyk od danej grupy jak i biegli w analizach molekularnych i statystycznych. Najlepiej jak to jest ta sama osoba, ale to rzadki przypadek. W mrówkach takie badania przyniosły w ostatnich latach duży postęp. Dla mnie wielką satysfakcją jest, że takie analizy pierwotnych grup mrówek (dorylomorpha) przywróciły w dużym stopniu klasyfikację tradycyjną proponowaną przez wybitnych systematyków z przeszłości, a kompletnie obaliły rozliczne "nowe" klasyfikacje oparte o szczątkowe analizy molekularne na bazie mitochondrialnego DNA.

[Markus]

Przepraszam za zbyt ostre słowa - jeśli chodzi o klasyfikację Notodontidae Millera z 1991, opartą na morfologii imagines i larw, to chyba nikt nie zrobił (a właściwie chyba nikt nie opublikował) falsyfikacji tej klasyfikacji. Miałem z nią trochę do czynienia przy okazji pisania doktoratu, dlatego zabieram tu głos. Jako, że było to kilkanaście lat temu, wielu szczegółów nie pamiętam, ale utkwił mi w pamięci taki kwiatek - Miller uznał, że luźne, wypadające w trakcie kopulacji kolce w specyficznej "kieszonce" edeagusa nie występują w podrodzinie Notodontinae. Problem polega na tym, że wzmiankowane kolce w edeagusie występują u co najmniej dwóch azjatyckich gatunków z rodzaju Notodonta (ewidentnie Notodonta, na podstawie budowy larw), których pan Miller nie wziął pod uwagę, bo ich na oczy nie widział. Czyli - jeśli przyjąć jego koncepcję, część rodzaju Notodonta należy do Notodontinae, a część nie? Oczywiście, na podstawie tego jednego przypadku nie można podważać całej klasyfikacji, ale - w całej analizie, na 100 cech morfologicznych imagines, aż 22 cechy są wzięte z męskich narządów kopulacyjnych, a 10 - z żeńskich. Łącznie, połowa cech znajduje się na ostatnich segmentach odwłoka. Jeśli bierzemy pod uwagę po jednym gatunku z rodzaju i przyjmujemy cechy jego narządów kopulacyjnych (często dość drobne, jak wygięcie któregoś z elementów), jako cechy całego rodzaju, to chyba jest spora szansa na popełnienie błędu... Nie jestem w tych sprawach specjalistą, takie mam tylko wyczucie...

Pozdrawiam,
Markus

[Jacek Kurzawa]

Ta praca ukazała się oficjalnie dopiero teraz. Petr Svacha prosi, by datować ją na 2018. Ta wersja ma prawidłową paginację.
Ponadto plik pod linkiem został podmieniony na ten właściwy z 2018.

https://www.researchgate.net/publicatio ... rambycidae