Czy to na pewno podgatunek? Problemy genetyki.

[Jarosław Bury]

Raczej nie tak czy siak mamy tu do czynienia z ciekawym fenomenem - w grupie blisko ze sobą spokrewnionych gatunków dwa różnią się preferencjami siedliskowymi, roślina żywicielską a nawet gatunkiem mrówki jaki jest celem ich pasożytniczych praktyk, ale nie znajduje to odzwierciedlenia w ich genomie, podczas gdy dwa inne zasiedlają ten sam biotop, żeruja na tej samej roślinie zywicielskiej, a jednak ich genom różni sie bardzo znacząco!

Ale można sobie wyobrazić sytuacje odwrotną - gdzie brak różnic morfologicznych i ekologicznych idzie w parze ze znacznym zróżnicowaniem genetycznym!

Tu możnaby przytoczyć pracę The fourth paradigm pattern of post-glacial range exspansion of European terrestrial species: the phylogeography of the marbled White butterfly (Satyrinae, Lepidoptera) autorstwa Jana Christiana Habel'a i wsp. 2005 r.
W pracy tej badano zróżnicowanie genetyczne kompleksu M. galathea/M. lachesis, zwiększajacego swój zasieg w kierunku północnym po ostatnim zlodowaceniu. Ustalono trzy linie genetyczne, właściwe dla 1. M. lachesis z obszaru Półwyspu Iberyjskiego, 2. M. galathea z refugium apenińskiego i 3. M. galathea z refugium bałkańskiego...

Tym razem wyraźne zróżnicowanie populacji M. galathea na dwie odrębne linie genetyczne wynikające z izolacji populacji w okresie glacjalnym nie owocuje konsekwencjami taksonomicznymi...
Parafrazując pytanie postawione na początku tego wątku, celowym wydaje się postawienie innego - czy to na pewno nie podgatunki ?

PS. Stworzono przy okazji ciekawy model rekolonizacji obszarów objętych zlodowaceniem przez gatunek zepchniety do refugiów, w którym to procesie ponownego zasiedlania biorą udział osobniki tylko z dwóch refugiów - apenińskiego i bałkańskiego, osobniki z refugium iberyjskiego, uległy tak daleko idącej zmianie genetycznej, że nie biorą już udziału w tak rozumianej rekolonizacji... Nie bez znaczenia są tu obszary górskie, które przyczyniły się w decydującym stopniu do utrwalenia zaistniałych różnic...

[L. Borowiec]

Kolego Jarosławie, przytoczone przez ciebie przypadki genetycznych badań nad różnymi taksonami motyli i ich różnicowaniem historycznym czy biologicznym dotyczą, z genetycznego punktu widzenia, całkowicie różnych przypadków, a czytelnicy tych postów mogą odnieść wrażenie, że chodzi o podobne sytuacje. Jest zupełnie inne podejście metodyczne gdy chcemy ocenić stopień pokrewieństwa filogenetycznego dwóch taksonów (jak w przypadku tych rzekomo "tożsamych" genetycznie modraszków), a całkowicie inne gdy chcemy zrekonstruować historię różnych populacji na poziomie geograficznym (ten twój ostatni przykład tzw. badań filogeograficznych). W pierwszym przypadku badamy różnicę w genach, które ulegały zmianom w wyniku selekcji, w drugim markery w których zmiany są głównie efektem losowym w wyniku dryfu genetycznego. W obu przypadkach dobór właściwych genów czy markerów do badań jest istotą całej sprawy. Jacek słusznie zwrócił uwagę, że nie ma dwóch "tożsamych" gentycznie organizmów. Wbrew temu co piszesz nie są nimi nawet bliźniacy jednojajowi, bo spontaniczny i losowy charakter mutacji powoduje, że już w przypadku narodzin bliźniacy wykazują jakiś tam stopień różnicy. Ale oczywiście pewna część DNA jest bardziej podatna na mutacje, a inne są bardzo konserwatywne. Jeżeli więc weźmiemy do badań bardzo konserwatywne geny, to możemy różnic nie odkryć. W badaniach filogenetycznych używa się głównie genów o średniej podatności na zmiany tzn. takie, które zmieniają się zarówno pod wpływem selekcji jak i częściowo losowo, ale te zmiany losowe nie mogą być zbyt częste gdyż prowadzi to do dużej ilości zmian zaburzających wynik analizy (rewersji na nici DNA i w konsekwencji do parallelizmu genetyczego, co może prowadzić do mylnych wniosków o stopniu pokrewieństwa). W badaniach filogeograficznych używa się markerów znacznie bardziej zmiennych, gdyż zwykle bada się zmiany genetyczne zachodzące w krótkich okresach czasu i musi tych zmian zebrać się dostatecznie dużo, aby pozwoliły ocenić stopień "tożsamości" historycznej populacji. W badaniach filogeograficznych często pokrewieństwo tych samych odcinków DNA między populacjami różnych gatunków jest większe niż pomiędzy historycznie odległymi populacjami tego samego gatunku. Dlatego, używając skrótu myślowego, w badaniach filogeograficznych tak naprawdę odtwarzamy filogenezę DNA, a nie taksonów. W badaniach filogenetycznych dobór właściwych genów do oceny pokrewieństwa i odrębności taksońow jest kluczowy. Podane przez ciebie wyniki o rzekomym braku różnic genetycznych między dwoma podgatunkami jeszcze o niczym nie świadczą. Tak się złożyło, że geny użyte do badań podlegały tej samej presji selekcyjnej, a obserwowane różnice między tymi taksonami są efektem działania innych genów. Ponieważ ciągle jeszcze nie jesteśmy w stanie badać całych genomów taki wynik nie uprawnia nas do stwierdzenia, że oba taksony są identyczne genetycznie. Są one identyczne tylko w zakresie genów użytych jako markerów. Ponieważ nie znam dokładnie tych prac, więc trudno mi się szczegółowo wypowiadać gdzie mogą być ewentualne słabości tej analizy, jednak z mojej wiedzy wynika, że te same geny użyte do badań w jednej parze taksonów mogą dać satysfakcjonujący wynik, a w innej być zupełnie nieprzydatne. Cechy biologiczne są kodowane całymi seriami genów, często z efektem plejotropii, stąd taka trudność w wyborze właściwego markera. Na ogół staramy się wybierać geny odpowiedzialne za syntezę jakiegoś klarownego enzymu, ale często nie mamy zielonego pojęcia w jakie procesy fizjologiczne ten enzym wchodzi, trudno więc powiedzieć jakiej podlega presji selekcyjnej. Stąd teraz w badaniach staramy się brać serię markerów reprezentujących rózne formy DNA (mitochondrialne, rybosomalne, jądrowe), aby uchwycić zmiany w różnych partiach genomu, ale jest to trochę robota "po omacku" i z tego powodu zawsze obciążona możliwościami przypadkowych błędów.

[Jacek Kalisiak]

Po odpowiedzi Lecha moje wątpliwości wracają. Oczywiście moje wiedza na temat metodyki badań genetycznych jest znikoma, ale widać źle zrozumiałem odpowiedź Jarka?
Kluczowe jest pytanie

Mnie bardziej interesuje czy są genetycznie nierozróżnialne, czy też na podstawie badanych fragmentów DNA (brak odpowiedniego zasobu słownictwa) są nierozróżnialne. Bo chyba cały genom nie był sekwencjonowany?

Odpowiedź Jarka zrozumiałem w ten sposób, że wzięto do badania całe DNA z dwóch populacji i jest metoda pozwalająca wyłapać grubsze różnice pomiędzy tymi DNA, bez konieczności badania sekwencji, jakie w nich są. Czyli, że jest maszynka do wyłapywania różnic i na takiej metodologii oparto badania. Wypowiedź Lecha interpretuję w ten sposób, że takiej metodologii nie ma i bada się tylko wybrane fragmenty z zastosowaniem wybranych markerów, a stąd to jednak bardzo daleko do stwierdzenia o genetycznej tożsamości.

[L. Borowiec]

Jacku, jest dokładnie tak jak piszesz. Nie ma na razie metod pozwalających na badanie całych genomów takich organizmów. Nawet te dwie metody użyte do badania DNA człowieka dają tylko przybliżone wyniki (obie zresztą dały nieco inne wyniki, o czym słabo media informowały). Używa się zwykle określonych markerów, albo już dostępnych na rynku (tu ułatwieniem są patentowane startery, które można po prostu kupić) albo opracowanych samemu (i wtedy trzeba skonstruować własne startery, co jest dość uciążliwe). Na ogół postępuje się tak, że jak jakiś marker był już używany do innych badań i dał jakieś tam klarowne wyniki to powtarza się badania na innych taksonach przy użyciu tego samego startera. Są pewne geny, kótrych używa się powszechnie na całym świecie, bez względu na takson jaki badamy, ale też są badacze którzy eksperymentują z własnymi markerami. Nistety, nie wiem jakie geny użyto do tych badań z modraszkami. Ale jest jeszcze problem teoretyczny. Nawet jeśli jakieś różnice znajdziemy, to nie bardzo wiadomo jak taki poziom różnicy genetycznej przenieść na rangę taksonu. Przecież tak naprawdę otrzymuje się jakiś tam % niezgodności podstawień zasad na nici DNA i wyniki zwykle interperetuje się ilościowo, bez wnikania jak taka zmiana może wpływać na funkcjonowanie genu. Stąd często w popularnych przekazach sugeruje się różne głupie wnioski np., że człowieka i szympansa różni tylko 1,5% DNA. Wygląda to rzeczywiście na bardzo mało, ale pytanie jest w jakich genach te 1.5% się znajduje. Jak będą to jakieś geny sterujące ontogenezą to wtedy nawet promile różnic może spowodować, że w efekcie rozwinie się bardzo odrębny organizm. Badania na poziomie DNA bardzo pchają do przodu systematykę, ale też jest wiele nie rozwiązanych problemów i trzeba stale o tym pamiętać. Jeżeli stwierdzamy dużą różnicę na poziomie biologii dwóch organizmów, a na poziomie użytych markerów tej różnicy nie wychwycimy to wcale nie znaczy, że mamy do czynienia z tym samym organizmem. Obie te metody, biologiczna i genetyczna, są bowiem komplementarne i żadna z nich nie upoważnia nas do jednoznacznych wniosków. Natomiast ranga taksonomiczna tej różnicy to zupełnie inna sprawa i tu nie ma jednoznacznych recept. Dla jednych te dwa modraszki to będą tylko ekotypy lub rasy biologiczne, dla innych podgatunki, a jeszcze inni zechcą widzieć w nich gatunki.

[Jacek Kalisiak]

Dzięki Lechu za obszerne wyjaśnienia. Potwierdza to moje pojmowanie roli badań genetycznych i dosyć przyznam ogólne wyobrażenie, na jakim poziomie to się robi.
Wierzę, ze przy okazji ta dyskusja da do myślenia entuzjastom genetyki, jako narzędzia, które na dniach pozwoli mam rozróżniać gatunki. Kryje się w tym podwójny błąd, bo ani badania genetyczne nie są na wymaganym etapie rozwoju, ani cała ta zabawa (poważna!) nie przekłada się prosto na niedookreślone pojęcie gatunku.

[Jarosław Bury]

Co do tożsamości genetycznej - uściśliłem swą wypowiedż na tyle, że nie powinna wzbudzać takich kontrowersji -

ustalenia statystyczne dla badanego fragmentu populacji obu taksonów, oczywiście w zakresie genomu objętego badaniem, dodatkowo na tle innych gatunków z tej grupy - okazuje się, że zmienność genetyczna obu taksonów sie pokrywa, wynik przedstawiony w diagramie dla dystansu genetycznego ustalonego metodą Neia wynosi 0,0 . Dla porównania dla innych gatunków wahał sie od 0,6 do 0,7...

Ponadto nie było moim zamiarem poddawać ocenie merytorycznej wyników tych badań, ani poddawać ocenie i porównaniu warsztaów metodologicznych wszystkich przytoczonych tu prac - chodziło mi raczej o zwrócenie uwagi na mnogość problemów przed jakimi stają badacze używający metod genetycznych w badaniach nad owadami i związane z tym ograniczenia, na różnorodność sposobów ich rozwiązywania oraz na trudności interpretacyjne (co zaznaczyłem w wypowiedzi o P. napi) wyników tych badań, rzutujące na brak odniesień taksonomicznych (w każdej z prac !), przynajmniej w chwili obecnej...

[Jacek Kalisiak]

Jarek, na pewno ani moją, ani Lecha intencją nie była intencjonalna krytyka, ale jedynie we wspólnej dyskusji doprecyzowanie pewnych stwierdzeń. A w moim przypadku dodatkowo nauczenie się czegoś i lepsze zrozumienie poziomu dzisiaj prowadzonych badań genetycznych. Widać nie dość dokładnie wczytałem się w twoje wypowiedzi.
Natomiast nie mam wątpliwości, że sam fakt podejmowania na forum takich dyskusji i podnoszenia na forum tematu, który wydał ci się ciekawy, jest jak najbardziej godny polecenia innym.

[Jarosław Bury]

Pisząc te posty oczywiście liczyłem się z krytyką i jej oczekiwałem - problemy tkwią w języku, który nie zawsze jest przecyzyjny oraz konkluzjach, które nie zawsze są prawidłowo odczytywane

PS. jeszcze jedna dygresja - oczywiście w tego typu wymianie poglądów każdy mimo woli stosuje określony poziom szczegółowości, który jego zdaniem jest możliwy do przyjęcia - Lech nie zgodził się ze stwierdzeniem, że rodzeństwo jednojajowe (celowo nie użyłem sformułowania bliźniacy, bo przecież może to być trzy, cztery, czy więcej organizmów), albo też klony są identyczne genetycznie, słusznie zwracając uwagę na zjawisko spontanicznych mutacji...
Ale to również jest jakieś uogólnienie - moim zdaniem istnieje conajmniej kilka okoliczności w których organizmy te są jednak identyczne...

Zachodzi to po pierwsze, od powstania takich organizmów do czasu zaistnienia 1 spontanicznej mutacji w jednym z nich, co oczywiste!, nie można też wykluczyć ewentualności, że 1 spontaniczna mutacja (gdzieś przeczytałem, że jest to 1 błąd na 10 do 9 potęgi nukleotydów) zostanie skorygowana mutacją rewersyjną, a nastepna - kolejną itd, itd... Dodać do tego należy fakt istnienia naturalnych procesów naprawczych na poziomie replikacji nici DNA, które przez określony czas mogą skutecznie takie błędy reperować - oczywiście zdaję sobie sprawę ze statystycznie niskiego prawdopodobieństawa zaistnienia takiego przypadku, ale jednak

[Jarosław Bury]

Dla jasności dodam, że z punktu widzenia taksonomi sytuacja kompleksu M. galathea/lachesis mimo wielu badań pozostaje nadal dość zagmatwana - obecny areał występowania tego kompleksu obejmuje obszar od północnej Afryki poprzez zachodnią, południową i wschodnią Europę po południowy Ural i Krym na wschodzie oraz Azję Mniejszą i Kaukaz na południowym-wschodzie. Na tym obszarze wyodrębnia się trzy główne populacje, którym różni autorzy przyznają różny stopień odrębności taksonomicznej.
I tak niektórzy uważają, że taksony galathea, lachesis i lucasi (ten ostatni z Afryki północnej) to trzy odrębne gatunki (Bozano 2002), inni traktują lachesis i lucasi jako podgatunki galathea, wreszcie istnieje i takie podejście, w którym tylko lucasi jest podgatunkiem galathea, a lachesis odrębnym gatunkiem (wg. mnie najciekawsza, ale i najbardziej problematyczna koncepcja)!

Na to nakładają się podgatunki wyodrębnione we właściwym obszarze występowania taksonu galathea (rozumianego jako jeden z trzech dobrych gatunków) - i tu dotarłem do taksonów odzwierciedlających jednak genetyczne zróżnicowanie taksonu galathea (powstałych poprzez izolację we wcześniej wspomniach refugiach - apenińskim i bałkańskim), co więcej istnieją dwa kolejne podgatunki (historycznie wyodrębnione, ale obecnie akceptowane) z północnej części areału wystepowania oraz z Sycylii...

Są to:
Melanargia galathea galathea LINNAEUS, 1758 z obszaru od północnej Hiszpanii do Litwy, po Ural na wschodzie i Krym na południu.
Melanargia galathea magdalenae REICHL, 1975 z Półwyspu Apenińskiego,
Melanargia galathea satnia FRUHSTORFER, 1917 z Półwyspu Bałkańskiego, Azji Mniejszej i Kaukazu,
Malanargia galathea syracusana ZELLER, 1847 z Sycylii.

PS. w takim ujęciu taksony M. g. donsa FRUHSTORFER, 1920 i M. g. tenebrosa FRUHSTORFER, 1917 należy traktować jako synonimy M. g. satnia FRUHSTORFER, 1917...

[jon]

... a zrobię te ponad 800 km prawie spod granicy niemiecko-czeskiej i nałowię sobie tego palaemona. Takiej mi narobiliście ochoty...
Nawiasem mówiąc od wczoraj wszedłem w posiadanie pracy B. Jaroszewicza. Jak poczytam - będę mądrzejszy.

[Jacek Kalisiak]

Jarku, wszystkie te wiadomości o skomplikowanych związkach pokrewieństwa w ramach jakiegoś kompleksu są bardzo interesujące i co do konkluzji ja się nie wypowiadałem.

oraz konkluzjach, które nie zawsze są prawidłowo odczytywane

Ja dociekałem, czy określenie genetycznie tożsame! ma jakiekolwiek podstawy się pojawić i od początku podtrzymuję, że to jest określenie bardzo jednoznaczne i nie powinno być tu używane. Uważam też, że wyjaśnienia przytoczone przez Lecha wyraźnie wpłynęły na zmianę wniosków, jakie można wyciągać z przytaczanych fragmentów wniosków z badań.

[Jarosław Bury]

Jacku, dlatego odsyłałem do oryginalnych źródeł, bo trzyzdaniowe opisy tych prac siłą rzeczy niosą ze sobą dużą dozę nieprecyzyjności...

PS. w pracy o modraszkach wyjaśnione jest na jakich genach (i na ilu konkretnych loci oraz za kodowanie jakich enzymów są one odpowiedzialne ) przeprowadzono badanie, jak wielką populację obięto badaniem oraz z jakiego terenu pochodziły te motyle, dodatkowo przeprowadzono bardzo ciekawą dyskusję nad wynikami, której, proszę o wybaczenie, ale nie będę jednak przytaczał w całości w tym wątku .
Natomiast, jeżeli chcesz Jacku, mogę Ci podesłać PDF z pełną wersją tej pracy - życząc miłej lektury

PS. 2

ustalenia statystyczne dla badanego fragmentu populacji obu taksonów, oczywiście w zakresie genomu objętego badaniem, dodatkowo na tle innych gatunków z tej grupy - okazuje się, że zmienność genetyczna obu taksonów sie pokrywa, wynik przedstawiony w diagramie dla dystansu genetycznego ustalonego metodą Neia wynosi 0,0 . Dla porównania dla innych gatunków wahał sie od 0,6 do 0,7...

Jacku, należy rozdzielić pojęcie identyczności w rozumieniu braku różnic u dwóch osobników (niezależnie od zastosowanych metod badawczych) oraz identyczności w rozumieniu statystycznym, a więc braku istotnych statystycznie różnic u dwóch reprezentatywnych "próbek" badanych grup...
I tu oczywiście nie chodzi o taką identyczność genomu ( nawet w ograniczonym fragmencie - objętym badaniem) jaką wyobrażamy sobie w I przypadku!!!
Tu różnice mogą być znaczne, ale statystycznie nieistotne, co więcej te różnice mogą być większe w przypadku wewnetrznego zróznicowania w obrębie każdej z tych grup, w porównaniu do różnic pomiędzy obiema grupami...
W takim to przypadku można uznać, że nie istnieją istotne statystyczne różnice pomiędzy obiema badanymi grupami i statystycznie rzecz ujmując są one tożsame (oczywiście w zakresie fragmentu genomu objętego badaniami i oczywiście pomimo znacznego wewnetrznego (osobniczego) zróżnicowania tegoż fragmentu genomu)...

Ale szczerze mówiąc, myślałem, że jest to sprawą ogólnie rozumiałą

[Jacek Kalisiak]

To moja ostatnia wypowiedź w tej dyskusji, bo to zaczyna być bicie piany i zaraz zacznie wyglądać, że ja się czepiam. Wszystkie nasze wypowiedzi są do przeczytania i każdy może sobie wyrobić zdanie.

Ale szczerze mówiąc, myślałem, że jest to sprawą ogólnie rozumianą

Tak właśnie uważałem, że jest to dla mnie zrozumiałe i dlatego pozwoliłem sobie włączyć się do tego wątku. W szczególności użyte przez ciebie określenie genetycznie tożsame! jest w użytym przez ciebie kontekście całkowicie nieuzasadnione i wprowadza czytelników w błąd. Co więcej, z twojej wypowiedzi wynikało, że ta "genetyczna tożsamość" ma istotne znaczenie dla twierdzeń o wzajemnej relacji badanych taksonów.
Ponadto na tym forum było już kilka dyskusji o znaczeniu badań genetycznych dla zrozumienia filogenezy i rozróżniania gatunków. Jak widać po tamtych przykładach szereg osób jest wprowadzanych w błąd pseudo popularyzatorskimi doniesieniami i dosyć opacznie rozumie, czym takie badania w istocie są.

Jacku, należy rozdzielić pojęcie identyczności w rozumieniu braku różnic u dwóch osobników (niezależnie od zastosowanych metod badawczych) oraz identyczności w rozumieniu statystycznym, a więc braku istotnych statystycznie różnic u dwóch reprezentatywnych "próbek" badanych grup...

Nie o to chodzi, a tą polemiką wprowadzasz niepotrzebny zamęt. Można stwierdzić, że w zakresie przeprowadzonych badań nie stwierdzono istotnych różnic. Napisać o genetycznej tożsamości i to w kontekście, w jakim to uczyniłeś to po prostu wprowadzanie w błąd. Z tego, co piszesz wynika, że nie znaleziono różnic, a nie, że różnic nie ma. To są całkowicie inne stwierdzenia.

[Jarosław Bury]

Jacku, jeżeli nadal czujesz się wprowadzony w błąd, mimo kilkukrotnego wyjaśniania i uściślania moich wypowiedzi to jest mi naprawdę przykro - dlatego jeszcze raz proponuję Ci zapoznanie się z oryginałem pracy i ew. dalszą polemikę po jej przeczytaniu

Polecam również b. interesującą pracę: Phylogeny of Maculinea blues (Lepidoptera, Lycaenidae) based on morfological and ecological characters: evolution of parasitic myrmecophily Pavel Pech i wsp. 2004, z której zacytuję tylko jedno zdanie

" The West Palearctic M. alcon alcon is closer to European M. rebeli than to Asian taxa of M. alcon s. lat., M. alcon is paraphiletic, and M. rebeli shoud possibly lost its full species status..."

I nie dodam żadnych moich komentarzy, by nie zostać źle zrozumianym

PS. jeżeli kogoś interesuje metodologia - w zakresie metod kladystycznych, ich ograniczeń i ich przezwyciężania polecam b. interesujący artykuł Metoda największej wiarygodności - ucieczka ze strefy Felsensteina Krzysztofa Spalika
http://www.ewolucja.org/d3/d310-3.pdf

[Jacek Kalisiak]

Jakiś pomyłkowy duplikat tu był

[Robert Zoralski]

To może i ja napiszę coś od siebie. Na tyle na ile do tej pory zagłębiałem się w tematy genetyczne - czyli płytko i może bardziej obrazowo

Załóżmy, że dążymy do ideału i chcemy mieć jeden ustalony podział organizmów na taksony (najlepiej w takim drzewku na którym widać byłoby w czasie kiedy się rozdzieliły, tzn jak postępowała ewolucja organizmów).
Idealnie byłoby mieć taką "skrzynkę" do której wkładalibyśmy próbki badanych osobników i "skrzynka" wyrzucałby w jakiś sposób opisany/określony stopień pokrewieństwa . Taką "skrzynką" mogłaby być doprecyzowana metoda/algorytm/standard, który dawałby w każdym przypadku wyniki wyrażone ilościowo/liczbowo. Ot, wrzucamy dane wejściowe i mamy wynik.
Najlepiej, żeby wyrysowało nam się drzewko ze wspólnym przodkiem i dokładnym czasem kiedy oba taksony się rozdzieliły i jak są blisko siebie. Pięknie prawda?

I tu nie ma lekko...
Przy budowie takiej "skrzynki" napotykamy wiele problemów.

Dobrym punktem wyjścia jest fakt, że każdy organizm na ziemi ma zapisaną w DNA informacje o sobie samym. Wystarczy ją jakoś zbadać. Kod DNA jest prosty, mamy metody i narzędzia do precyzyjnego i szybkiego odczytania tego kodu.
Ale przecież:
- w genomie (sekwencja DNA) każdego osobnika znajduje się tylko powiedzmy 1% istotnych fragmentów (genów) - (reszta to powiedzmy nieistotne dane, czyli DNA śmieciowe)
- które to geny powodują zsekwencjonowanie konkretnych białek (np: enzymów)
- które to białka dopiero biorą wspólnie udział w pewnych procesach organizmu (budowaniu wyglądu, zachowaniu, utrzymaniu gatunku, utrzymaniu procesów życiowych itp.)
- które to procesy i których wyniki dopiero możemy obserwować
- na podstawie to których obserwacji możemy sobie te osobniki dzielić na gatunki/podgatunki, nazywać je, klasyfikować itd itp..

A więc w czym problem?
Otóż:
- DNA jest długie - odczytywanie całego trwa
- geny (istotne sekwencje nukleotydów) są w bliżej nieokreślonych miejscach - trzeba te miejsca określić
- geny aktywują się/dezaktywują w wyniku mutacji - podmiana jednego tylko nukleodydu (przynajmniej teoretycznie) może aktywować/dezaktywować gen co może wprowadzić dużą zmianę w funkcjonowaniu organizmu
- mutacje zachodzą w różnym tempie (większe tempo zmian genetycznych dla muszki owocówki niż z kozioroga dębosza - różny czas życia jednego pokolenia)
- sekwencje DNA mają jakościowe przełożenie na (białka ->procesy fizj. -> obserwowalne różnice) - znowu podmiana jednego nukleotydu może spowodować aktywację genu, który spowoduje skok ewolucyjny
- badania są prowadzone różnymi metodami
- ocena i wnioski są subiektywne.

Same kłopoty i po omacku jak napisał Lech

Trzeba by chyba zacząć znormalizowania procesu badania (zasady funkcjonowania skrzynki) na każdym z etapów tej długiej zależności przyczynowo-skutkowej (od informacji w DNA do jednego podziału organizmów na taksony (najlepiej w drzewku z przodkiem)). Taką normalizację rozpoczął przecież Linneusz wprowadzając standard nazewnictwa organizmów żywych.


Tak sobie myślę i wydaje mi się, że do zbudowania "skrzynki", a dzięki niej jednolitej systematyki organizmów żywych to jeszcze daleeeeko.
Ale jak tylko będę miał możliwość to dołożę swój trybik do tej maszynerii
Bo to by fajna skrzynka była.

Pozdr.
Robert

P.S. Mam nadzieję, że nie wyszedł niezrozumiały bełkot - trzeba to przeczytać co najmniej dwa razy

[Jarosław Bury]

Taka skrzyneczka b. by sie przydała - to w kontekście zawiłości taksonomicznych w kompleksie Maculinea - nawet nie próbuję przytoczyć wszystkich możliwych koncepcji na podział tej grupy, bo jest to po prostu niewykonalne, ze wzg. na ilość taksonów i synonimów oraz płynność w przyszeregowywaniu pooszczególnych taksonów nizszej rangi do taksonów wyżeszj rangi - chaos panujący w tej grupie mogą zobrazować dwa przykłady - wg. jednego z ujęć (Tshicolovetes 2002) istnieje takson M. teleius obscurata (STAUDINGER, 1892), którego synonimem jest M. teleius euphemus STAUDINGER, 1892, ale wg. Tuzowa, 2000 r jest on jednoznaczny z taksonem M. kurentzovi daurica DUBATOLOV, 1999, tyle że wg. Korshunova, 2000 r to raczej M. daurica DUBATOLOV, 1999, ale istnieje nawet i takie podejście, że jest to po prostu M. kurentzovi SIBATINI, SAIGUSA, HIROWATARI, 1994...
Podobnie sytuacja przedstawia się np. z taksonem M. alcon jenissejensis (SHELJUSHKO, 1928), który traktowany jest jako M. rebeli kondakovi KURENTZOV, 1970, lub M. alcon kondakovi KURENTZOV, 1970 przez Sibatiniego i wsp, w 1994...

PS. to trzeba przeczytać minimum 3 razy

[BODZIO1]

Czytam to wszystko i jestem zaskoczony co to się porobiło i może nawrócę do tematu. Ja nigdy bym nie sugerował, że złowiłem jakiś podgatunek motyla na podstawie jednego okazu. Tym bardziej, wiedząc, że na tym terenie występuje gatunek nominalny. Jeżeli nie ma podgatunku razem występującego na tym samym terenie co gatunek nominalny to zjawisko takie mamy w tym jednym przypadku tylko w Polsce. Jeżeli mi ktoś nie wierzy to go wezmę za rękę, zaprowadzę i pokażę jak te motylki latają sobie razem na ścieżce. Ciekawy tylko jestem jak jest na Syberii i w innych miejscach, czy C.p.albiguttata też lata razem z C.p.palaemon.

[Jarosław Bury]

Bogdan, ponieważ nikt nie odpowiedział Ci wprost na tak postawione pytanie - to ja odpowiem.

W pracy The Butterflies of Transbaical Siberia 2002 autor V. Tshicolovetes zastanawia sie podobnie jak Ty, czy w związku ze wspólnym występowaniem M. arion arion (LINNAEUS, 1758)
i M. arion cyanecula (EVERSMANN, 1848) w Północnym Tienszanie oraz Zachodniej Syberii nie uznać ten ostatni za odrębny gatunek - M. cyanecula cyanecula (Eversmann, 1848).

W innych pracach, min. w rewizji rodzaju Maculinea z 1994 SIBATINI uznaje go jednak tylko za podgatunek ariona - mając zapewne ku temu mocne podstawy.

Tak więc na pocieszenie - nie jesteś osamotniony w swoich wątpliwościach, chociaż pozycja taksonomiczna C. p. tolii wydaje się wyjaśniona - to jest podgatunek C. palaemon, ale czy faktycznie jest to synonim C. p. albiguttata, to już moim zdaniem zupełnie inna historia

W chwili obecnej, przyjmując argumentację dr Jaroszewicza należałoby przyznać, że prof. Krzywicki mylił się opisując podgatunek tolii, jednakże nauka nie stoi w miejscu, na coraz szerszą skalę wykonywane są badania genetyczne nad coraz liczniejszymi kompleskami problematycznych taksonów, kto wie czy niebawem nie otrzymamy odpowiedzi (zdając sobie sprawę z ograniczeń metod kladystycznych) o stopniu pokrewieństwa pomiędzy wszystkimi podgatunkami C. palaemon

Pozdrawiam wszystkich
Jarek.

PS. dzisiaj dostałem dobrą radę od jednego z kolegów, aby zająć się czymś pożytecznym, a nie pisać setnego postu w przydługim temacie na temat jakiegoś tam Taksona paleno, palemo, czy czegoś takiego...

[BODZIO1]

Dziękuję Jarku za odpowiedź i informację, że nie jestem jedynym co tak myśli. Ale z tego co widać to przed nami dalsze badania i wiele spraw zostaje niewiadomych i otwartych a zwłaszcza w taksonomii. Najważniejsze, że jaszcze chwila i po zimie.