Polskie Forum Entomologiczne - Chrząszcze i Motyle Polski - strona główna

Polskie Forum Entomologiczne

PFEnt. - https://entomo.pl/forum/
Teraz jest poniedziałek, 26 sierpnia 2019, 04:56


Strefa czasowa: UTC + 1 [ DST ]




-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
|     Prosimy o podawanie miejsca i daty obserwacji. To przyśpieszy oznaczenie i ułatwi dyskusję.     |
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 18 ] 
Autor Wiadomość
 Tytuł: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: wtorek, 31 sierpnia 2010, 21:52 
Offline
Avatar użytkownika

Dołączył(a): niedziela, 20 lutego 2005, 22:21
Posty: 884
Hydrobius fuscipes,  bo chyba nic innego?  Wisła k.W-wy 17.07. br.


Załączniki:
hydr.JPG
hydr.JPG [ 103.29 KiB | Przeglądane 5064 razy ]
Share on FacebookShare on TwitterShare on Google+
Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: wtorek, 31 sierpnia 2010, 22:18 
Offline
Avatar użytkownika

Dołączył(a): wtorek, 3 lutego 2004, 08:15
Posty: 1406
Lokalizacja: Poznań
Tak


Góra
 Zobacz profil WWW 
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: wtorek, 31 sierpnia 2010, 22:58 
Offline

Dołączył(a): czwartek, 5 lutego 2004, 03:00
Posty: 1910
Lokalizacja: Palearktyka
A dlaczego w Staphylinoidea?

Paweł


Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: wtorek, 31 sierpnia 2010, 23:14 
Offline
Avatar użytkownika

Dołączył(a): niedziela, 20 lutego 2005, 22:21
Posty: 884
Tutaj Hydrophiloidea przemieszkują przy  Adephaga! Nie zauważyłem tego....Na marginesie: moim skromnym zdaniem systematyczny podział tematów jest, jak na potrzeby Forum, zbyt szczegółowy...


Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: sobota, 14 marca 2015, 12:31 
Offline
Avatar użytkownika

Dołączył(a): niedziela, 19 lutego 2006, 21:28
Posty: 3571
Lokalizacja: Podkarpacie
Cytuj:
Hydrobius fuscipes, bo chyba nic innego?  Wisła k.W-wy 17.07. br.


W świetle pracy A comprehensive DNA barcode database for Central European beetles with a focus on Germany: adding more than 3500 identified species to BOLD - nie koniecznie :idea:


Załączniki:
Hydrobius fuscipes DNA1.jpg
Hydrobius fuscipes DNA1.jpg [ 100.89 KiB | Przeglądane 4817 razy ]
Góra
 Zobacz profil WWW 
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: sobota, 14 marca 2015, 13:49 
Offline

Dołączył(a): wtorek, 25 maja 2004, 13:36
Posty: 896
To, czy te barkody pokazują, że w Europie środkowej są cztery gatunki plus jeden z Grecji jest kwestią dyskusji. Granica międzygatunkowa w metodzie barkodowej jest bardzo płynna i w dużej mierze umowna. Te różnice mogą wynikać z kilku fal migracji w okresie postglacjalnym, a uznanie takich populacji za już odrębne gatunki jest bardzo ryzykowne bez zbadania polimorfizmu na poziomie światowego zasięgu całego taksonu, a także sprawdzenie stopnia przepływu genów między tymi "populacjami". Na razie autorzy rzucili efektowną hipotezę. Ciekawe, czy starczy im pomysłu i środków na jej falsyfikację. Na razie ukazuje się dużo prac na barkodach, które forsują takie hipotezy (bo one mogą liczyć na szybkie cytowania), ale już na żmudne prace weryfikacyjne to trudno się doczekać.


Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: sobota, 14 marca 2015, 14:04 
Offline
Avatar użytkownika

Dołączył(a): wtorek, 24 sierpnia 2004, 14:50
Posty: 3140
Lokalizacja: Łódź
Ale publikacja bardzo ciekawa. Tym bardziej, że autorzy z jednej strony podają gatunki rozróżnialne po cechach anatomicznych o bardzo zbliżonych barkodach, a z drugiej sugerują istnienie wielu dobrych gatunków nie rozróżnianych dotąd po cechach zewnętrznych (daw gatunki w Corymbia rubra! :>). Więc sama praca nie ukrywa istniejących faktów, ale też sugeruje, że te trudności interpretacyjne mogą zostać pokonane w trakcie dalszych badań. Pracę przeczytałem pobieżnie, a i mój angielski nie jest aż tak dobry. Czy może inne metody badań genetycznych mogą ujawnić wystarczająco dużą lukę pomiędzy dobrymi gatunkami? Ale co wtedy z takim gatunkiem jak przywoływany Hydrobius??? Barkoding to metoda, a sedno sprawy to interpretacja czym jest gatunek i od kiedy się nim staje (czy może przestać być???). :mysl:
Lechu, wszelkie dalsze komentarze, być może obszerniejsze, bardzo mile widziane  :tak:


Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: sobota, 14 marca 2015, 16:08 
Offline

Dołączył(a): wtorek, 25 maja 2004, 13:36
Posty: 896
Większość z was prawdopodobnie nie ma pojęcia, że granicę dla gatunku zwolennicy metody barkodowej (a właściwie ruchu ideologicznego na rzecz barkodów) ustalają dość arbitralnie i kilkakrotnie od momentu stosowania tej metody była ona już przesuwana.  W miarę jak odkrywano molekularne mechanizmy ewolucji i próbowano zrozumieć prawa rządzące szybkością ewolucji konkretnych grup genów rewidowano też granice dla gatunku w tej metodzie. Ale nadal jest ustalana dość arbitralna granica dla wszystkich organizmów, bez uwzględnienia specyfiki poszczególnych grup. Tymczasem pojawia się coraz więcej prac pokazujących, że barkody w niektórych grupach owadów prowadzą na manowce (np. pewne grupy Hymenoptera czy Diptera, niektóre roślinożerne Coleoptera), a zmienność wewnątrz gatunku może być większa niż różnice pomiędzy gatunkami. Jest trochę schizofrenii w barkodowaniu, bo stosuje się markery ewoluujące raczej losowo, podczas gdy specjacja to procesy bazujące głównie na nielosowej selekcji, a więc odnoszące się do innych grup genów niż wykorzystywanych w barkodowaniu. Na pewno barkody pokazują jakąś różnicę, ale jak ją interpretować to nie jest już takie oczywiste. Przy losowej ewolucji prawdopodobieństwo zajścia molekularnej homoplazji jest jeszcze wyższe niż przy selekcji. Ja uważam barkodowanie za jedno z wielu narzędzi w taksonomii. Każde odkrycie jakiejś różnicy między populacjami, do tej pory niewidocznej innymi metodami, to istotna informacja. Tylko w tym momencie trzeba włączyć rozum i starać się właściwie zinterpretować konsekwencje wynikające z tej różnicy (infekcje na poziomie molekularnym, czasowe następstwa fal migracyjnych, głęboka zmiana na poziomie genów strukturalnych wpływająca na barierę rozrodczą itd.). Na początku w ideologach barkodingu było wkurzające to, że oni uważali iż sama metoda daje obiektywny wynik, nie wymagający interpretacji (czyli wyłączający udział mózgu, wystarczy sam algorytm). Dziś, na szczęście, to już tak nie wygląda, ale tak jak napisałem w poprzednim wpisie ciągle jest bardzo dużo prac opisujących wyniki barkodowania, a w mniejszości są prace falsyfikujące takie badania, bo one wymagają znacznie więcej środków i pracy oraz trudniej o dobre startery dla genów poza mitochondrialnych. A presja szybkiego wyniku opublikowanego w czasopiśmie o wysokim IF nie sprzyja.


Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: sobota, 14 marca 2015, 16:22 
Offline
Avatar użytkownika

Dołączył(a): niedziela, 19 lutego 2006, 21:28
Posty: 3571
Lokalizacja: Podkarpacie
Cytuj:
The relatively high number of 1089 specimens, representing 176 potentially overlooked species was surprising, especially because many of these
cases did not involve the specious and taxonomically difficult Staphylinidae, Curculionidae and Elateridae but the well-studied Carabidae, Cerambycidae, Haliplidae and Hydrophilidae.

To, że istnieją niezauważone dotychczas różnice w poszczególnych populacjach odkrywane właśnie metodą barkodingu to niewątpliwie wyzwanie dla tradycyjnej taksonomii - wydawało się, że wszystko jest już poukładane do odrębnych szufladek, a tu znowu trzeba przeglądać, sprawdzać, dzielić, łączyć...
Strasznie czasochłonne i jakże frustrujące  ;-)


Góra
 Zobacz profil WWW 
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: sobota, 14 marca 2015, 16:52 
Offline
Avatar użytkownika

Dołączył(a): wtorek, 24 sierpnia 2004, 14:50
Posty: 3140
Lokalizacja: Łódź
Cytuj:
Większość z was prawdopodobnie nie ma pojęcia

Akurat ja pamiętam, że podczas któregoś ze spotkań (organizowało PTE lub Piotr Tykarski) była mowa o barkodowaniu i padało wtedy coś na poziomie 5% jako miarodajnej barierze???

Pytałem też o inne metody właśnie w sensie badania innych fragmentów DNA.Dzięki za poruszenie tej kwestii. Co do metod barkodingowych, to one chyba dają obiektywne wyniki, tylko wynik w postaci jakiejś miary, a interpretacja tej miary to dwie różne rzeczy i tak to rozumiałem.
Cytuj:
... a także sprawdzenie stopnia przepływu genów między tymi "populacjami"

Ten fragment tez mnie zainteresował. Możesz coś więcej napisać?
Przykładowo, przypadkiem kilka dni temu zaobserwowałem wronę w sąsiednim parku ("wronę siwą"), a kiedyś w luźnej rozmowie powstał spór, że w Polsce nie ma "wrony czarnej" (wrońca). Sięgnąłem do netu i tam stoi, że dzisiaj  obie uznaje się za dobre gatunki. Jednocześnie obserwuje się na terenie Polski pary międzygatunkowe i w necie są informacje o populacjach przejściowych. To co w końcu jest gatunkiem i jak jest z tymi "przepływami genów"??? No i co to jest ten "gatunek" ;)

Jarosław Bury napisał(a):
To, że istnieją niezauważone dotychczas różnice w poszczególnych populacjach odkrywane właśnie metodą barkodingu to niewątpliwie wyzwanie dla tradycyjnej taksonomii - wydawało się, że wszystko jest już poukładane do odrębnych szufladek, a tu znowu trzeba przeglądać, sprawdzać, dzielić, łączyć...

Oj, tak to chyba nie było. Przecież mamy świadomość, i są tego liczne przykłady na forum, że posługujemy się tym co widzimy. A że nie widzimy wszystkiego to dosyć oczywiste w świetle tych samych przykładów.
Jarosław Bury napisał(a):
Strasznie czasochłonne i jakże frustrujące

Dlaczego? Ja rozumiem jak z jednego przedmiotu można zrobić inny przedmiot. A że nie da się wskazać momentu w czasie, kiedy zbiór osobników i ich populacji "jednego gatunku" przekształca się w inny "gatunek/gatunki", to musi być całkiem długi okres czasu w którym specjacja "pulsuje". Dlatego sądzę(?), że można powiedzieć, po czasie, że mamy do czynienia z "różnymi gatunkami", ale nie nie da się wskazać momentu czasu kiedy rozdzielenie nastąpiło. Muszą występować stosunkowo długie okresy czasu pomiędzy istnieniem "jednego gatunku", a zaistnieniem jego dwóch (więcej?) "gatunków potomnych". Więc co tu frustrującego?
To nie są produkty.To wytwory trwającej w czasie ewolucji.


Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: sobota, 14 marca 2015, 17:41 
Offline

Dołączył(a): wtorek, 25 maja 2004, 13:36
Posty: 896
Cytuj:
Co do metod barkodingowych, to one chyba dają obiektywne wyniki


Tak powinno być, ale błędy mogą się pojawić już na poziomie PCR-owania, więc to też nie jest oczywiste. Poza tym musi istnieć zweryfikowana baza już zbadanych fragmentów DNA jako punkt odniesienia. Im niżej schodzimy, aż do poziomu gatunku tym trudniej o pewność, że mamy idealnie dobry wzorzec. Te porównywane fragmenty mogą mieć różnice wynikające nie tylko z samej autoewolucji ale również fragmenty wynikające z infekcji drobnymi fragmentami DNA przez wirusy czy bakterie (np. Wolbachia jest bardzo efektywnym organizmem infekującym i to ona powoduje,że np. u Formicidae czy Chloropidae barkodowanie jest tak utrudnione).

A co do badania przepływu genów między populacjami to temat rzeka. U wron (a tak samo jest z kumakami) taki przepływ istnieje na niskim poziomie, ale o tym czy takie taksony uważamy za odrębne gatunki decyduje żywotność hybrydów w strefach mieszańcowych. Jeżeli taka strefa wykazuję bardzo niską dynamikę poszerzania, to z reguły rodziców uważa się za odrębne gatunki. Nie musi być 100% bariera rozrodcza, decyduje wartość przystosowawcza hybrydów. A jeszcze są mechanizmy introgresji, gdzie mogą powstawać nowe gatunki przy hybrydyzacji bez zmiany fenotypu i takie można wykryć tylko metodami molekularnymi.


Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: sobota, 14 marca 2015, 17:54 
Offline
Avatar użytkownika

Dołączył(a): niedziela, 19 lutego 2006, 21:28
Posty: 3571
Lokalizacja: Podkarpacie
Rzeczywistość jest z pewnością bardzo złożona, gdyby było inaczej łatwo można byłoby wyobrazić sobie wszystkie zachodzące w niej procesy i nauka stałaby się niepotrzebna. Metoda barkodingu jest jak każda inna - moim zdaniem problem nie w metodzie, ani nawet w interpretacji wyników - 5% - 2% - a może 0, 2%. Może po prostu nie da się ustalić obiektywnej wartości granicznej - każda będzie ustalona arbitralnie, a więc w części przypadków niemiarodajna, błędna...
Ciekawe, że fizycy wpadli na zasadę nieoznaczoności już dawno, a taksonomowie?

Co do czasu - to oczywiste, że i tu nie da się ustalić dokładnej granicy, co więcej - logicznie rzecz ujmując - ona nigdy nie zaistnieje, są tylko rodzice i dzieci, nieprzerwane następstwo pokoleń, gdzie tu miejsce na gatunki  ;-)


Góra
 Zobacz profil WWW 
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: sobota, 14 marca 2015, 18:14 
Offline
Avatar użytkownika

Dołączył(a): poniedziałek, 2 lutego 2004, 20:35
Posty: 7695
Lokalizacja: Tomaszów Mazowiecki
UTM: DC30
Specjalność: Cerambycidae
inne zainteresowania: Muzyka, informatyka, makrofotografia.
Jacek Kalisiak napisał(a):
....można powiedzieć, po czasie, że mamy do czynienia z "różnymi gatunkami", ale nie nie da się wskazać momentu czasu kiedy rozdzielenie nastąpiło. Muszą występować stosunkowo długie okresy czasu pomiędzy istnieniem "jednego gatunku", a zaistnieniem jego dwóch (więcej?) "gatunków potomnych".


No właśnie. Wygląda więc - logiczne - że ten okres specjacji powoduje niemożność określenia granic między takimi dwoma gatunkami w tym czasie (w okresie specjacji nie ma jeszcze dwóch gatunków róznych). Tu mamy taką zasadę nieoznaczoności. Zakładając kryteria róznicujące (że okres się zakończył) sami uznajemy, że gatunek jest rózny, a to wynika już tylko z samej metody i jej założeń a nie z odrębności międzygatunkowej. W okresie specjacji nie ma dwóch gatunków. A jak określić okres specjacji jeśli szukamy róznic między populacjami? Tu nie ma stanów zerojedynkowych.
Najpierw potrzebne są dobre założenia a potem metody badawcze a tu mam wrażenie, że  metodami chce się ustawić "zegar".


Góra
 Zobacz profil WWW 
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: sobota, 14 marca 2015, 19:07 
Offline
Avatar użytkownika

Dołączył(a): niedziela, 19 lutego 2006, 21:28
Posty: 3571
Lokalizacja: Podkarpacie
To, że istnieje "czasowa strefa nieoznaczoności" pozwalająca rozdzielić dwa "gatunki" było dla mnie jasne od dawna, teraz uświadamiam sobie, że istnieje również "genetyczna strefa nieoznaczoności" "gatunków" i to jest bardziej frustrujące  :-?


Góra
 Zobacz profil WWW 
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: sobota, 14 marca 2015, 20:10 
Offline
Avatar użytkownika

Dołączył(a): wtorek, 24 sierpnia 2004, 14:50
Posty: 3140
Lokalizacja: Łódź
Jarku jeżeli mnie coś frustruje, to świadomość jak mało wiedzy stoi za moim pojmowaniem mechanizmów ewolucji... Chętnie bym poczytał coś w miarę syntetycznego w wolnych chwilach, ale jednak po polsku  :oops: Kiedyś podrzucaliście jakieś tytuły(?), ale może przypomnicie...
Wydaje mi się, że kiedy piszesz o tych rozmyciach, to w gruncie rzeczy chodzi o to samo. Tak bardzo modelowo patrząc, to mówiąc o wspólnym przodku, można by domniemywać, że chodzi o dobry stabilny gatunek. Ale to przecież czysto teoretyczne. Podejrzewam, że całkiem sporo jest "stabilnych" gatunków, dobrze osadzonych w ekosystemie, dla nas "bezproblemowych i na dany moment nie mających "ochoty" ewoluować. Ale przecież one też to jakieś populacje, jakaś pula genowa i jakaś różnorodność. Inne gatunki są bardzo zróżnicowane genetycznie (dlaczego?) i wcale nie oznacza to że za chwilę wyewoluują w kilka gatunków. Być może wprost przeciwnie wyewoluują w stabilny gatunek, którego tak pożądamy (jednoznaczny do oznaczenia  :P ). Dlatego wcześniej napisałem o pulsowaniu, mając na myśli zmienność w czasie tej chmury osobników (podzielonych np. na populacje).


Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: sobota, 14 marca 2015, 21:52 
Offline

Dołączył(a): wtorek, 25 maja 2004, 13:36
Posty: 896
"Chętnie bym poczytał coś w miarę syntetycznego w wolnych chwilach, ale jednak po polsku"

Niestety, to w tej chwili jest niemożliwe. Nowoczesne podręczniki dotyczące problemów specjacji nie były tłumaczone na polski. Na dodatek, jest w tej chwili trochę rozbieżności przy pojmowaniu mechanizmów ewolucji między biologami molekularnymi (którzy generalnie mają problem z rozróżnieniem mechanizmów gromadzenia zmienności a rozumieniem mechanizmów selekcji; zwykle przeceniają te pierwsze, "moda" na barkody wyszła od nich), a biologami populacyjnymi (którzy są bardziej neodarwinowscy). Upraszczając, biologowie molekularni maja tendencje neolamarckowskie (przeceniając mechanizmy tkwiące "wewnątrz" organizmów), a populacyjni nadmiernie eksponują selekcję (a więc czynniki środowiskowe). Pierwsi więc fascynują się bardziej odkrywaniem różnic, a drudzy szukają raczej wspólnego mianownika dla porządkowania tej różnorodności. Prawda jest gdzieś pośrodku. W taksonomii jest podobnie i dużo zależy od dobrego wykształcenia taksonoma (niestety, w tej działce jest sporo niedouczonych amatorów, mam na myśli również kończących uczelnie przyrodnicze bo programy w tym zakresie nie rozpieszczają). Jedni patrzą na różnorodność głównie pod kątem różnic i chcą od razu nadać tej różnicy jakąś wartość taksonomiczną, drudzy widzą najpierw tę różnorodność jako bazę dla procesów selekcyjnych i pragną zrozumieć kiedy ta ilościowa różnica pozwoli na odważną decyzję taksonomiczną. W taksonomii, bardziej niż w biologii molekularnej, gdzie większość badań opartych jest o działania algorytmiczne, dużo zależy od doświadczenia, znajomości grupy w całości na tle grup zewnętrznych itp. Ale to też powoduje, że trudniej ustalić jakieś wzorce wartości dla taksonomii, bo jest ten spory margines nieuchwytnego czegoś co powoduje, że jeden jest bardziej genialnym badaczem od drugiego. Biologia molekularna bardziej poddaje się parametryzacji i standaryzacji (dlatego oni uważają, że są bardziej "naukowi", a nas traktują często jako hobbystów).


Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: sobota, 14 marca 2015, 22:53 
Offline
Avatar użytkownika

Dołączył(a): piątek, 18 lutego 2005, 02:39
Posty: 3916
Lokalizacja: Poznań
Specjalność: Acu, Odo
inne zainteresowania: Jacek Wendzonka
Taaak... W pewnych aspektach nauk biologicznych, i nie tylko, cofamy się do średniowiecza, a modyzm, jak zapalona zapałka, ma wpływ na czas teraźniejszy...


Góra
 Zobacz profil WWW 
 
 Tytuł: Re: Hydrobius do konsultacji
PostNapisane: czwartek, 19 marca 2015, 12:18 
Offline
Avatar użytkownika

Dołączył(a): wtorek, 24 sierpnia 2004, 14:50
Posty: 3140
Lokalizacja: Łódź
Właśnie dostałem link do ciekawej publikacji  Scarabaeinae (http://journals.plos.org/plosone/articl ... ne.0116671). Jak widać nie tylko genetyka jest na warsztacie.
Jednocześnie zwróćcie uwagę, że ten sposób publikacji jest coraz częściej stosowany. Dodatkowe materiały (listy, zestawienia, dane źródłowe) lub zdjęcia wysokiej jakości są dostępne na stronie WWW, poza artykułem.


Góra
 Zobacz profil  
 
Wyświetl posty nie starsze niż:  Sortuj wg  
Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 18 ] 

Strefa czasowa: UTC + 1 [ DST ]


Kto przegląda forum

Użytkownicy przeglądający ten dział: Brak zidentyfikowanych użytkowników i 10 gości


Nie możesz rozpoczynać nowych wątków
Nie możesz odpowiadać w wątkach
Nie możesz edytować swoich postów
Nie możesz usuwać swoich postów
Nie możesz dodawać załączników

Szukaj:
Skocz do:  




Protected by Anti-Spam ACPPowered by phpBB® Forum Software © phpBB Group

Na skróty: Motyle i Chrząszcze - Strona Główna | Checklist Coleoptera of Poland 2014 On-Line | Mapa | Linki | Cerambycidae | Buprestidae | Carabidae | Chrząszcze wodne | Chemia owadów | efotogaleria |

 

Platformę hostingową zapewnia TITTLE.pl