ENTOMONE - Aplikacja do katalogowania danych

[Jacek Kurzawa]

Post: viewtopic.php?f=67&t=47033&p=306011#p306011

wszystkie moje obserwacje to to co wypatrzę podczas szwendania się w terenie .

I każde ma zdjecie i miejsce. Nie myslałeś żeby to jakoś złożyć wszystko do jednej aplikacji?

Mozliwości jest niewiele: iNaturalist, ale trzeba sięz tym dzielić a nie każdy chciałby aby inni wiedzieli gdzie sobie człowiek chodzi i co spotyka więc ten iNaturlist jest tylko dla pewnej grupy osób, ale nie dla wszystkich.

Były inne, kiedyś był Mantis, są platformy płatne np. Specify 7 https://www.specifysoftware.org/ demo: https://sp7demofish.specifycloud.org/specify/

Jest też wątek na ten temat viewtopic.php?t=20259 Program do katalogowania obserwacji (.mdb) z roku 2011 ale zaktualizowany w 2024!


Przygotowuję aplikację do zapisywania danych obserwacji z ekspedycji, wycieczek, z danych terenowych. Idea jej zastosowania powstała jako narzedzie do spisania danych z ekspedycji w celu ich uporządkowania, udokumentowania i ułatwienia do późniejszej publikacji z możłiwością eksportu wybranych danych do iNaturalist.
Potrzeba takiej aplikacji jest od dawna, ale do tej pory nie urzekł mnie Access ani Excel, chociaż ichj możliwości bywają większe niż tylko tabelki, o czym juz pisaliśmy. Zastosowanie takie aplikacji da możliwość zapanowania nad całym zbiorem danych w rozmaity sposób. Dane jak to dane - powinno dać się przeszukiwać wg drzewa taksonów, geograficznie, wg dat, wg obserwatorów, roślin, uwag itd. Im więcej danych tym większy pożytek.
iNaturalist jest pod tym względem bardzo dobry ma tylko kilka cech - wszystko musi być publiczne. iNaturalist nie służy do przechowywania danych prywatnych z ukrytymi danymi i ukrytymi zdjęciami. iNat nie służy także do przechowywania danych za zbiorów np. komplet zdjęć i danych okazu czyli digitalizacja zbioru. Nie miałem dotąd takiego narzedzia ktore pozwala na archiwizowanie zdjęc, danych lokalizacyjnych, dat i innych. Taka aplikacja już jest, na razie w wersji prototypowej, rozwijana.

Jak tylko aplikacja będzie gotowa, po przejściu testów, to udostępnię ją do masowego użytku.

Jej funkcje są/będą:
rekord na podstawie zdjęcia, wpisany ręcznie lub automatycznie
stanowiska i odczytywanie danych geo ze zdjec
podgląd stanowisk, list gatunków, rekordów, galerie zdjęć stanowiska, rekordu, gatunku
raporty html
import/export
Mapa UTM
aplikacja telefoniczna
dyktowanie głosowe + AI do rozpoznawania danych
szybkie wprowadzanie obserwacji
możliwość publikacji w iNaturalist wybranych obserwacji (kompatybilność aplikacji z iNaturalist)

[capricornus]

Z iNat trochę korzystam - https://www.inaturalist.org/observation ... fiable=any - choć póki co bardzo niewiele. Dopiero się rozpędzam, aczkolwiek bardzo powoli. U mnie główną przeszkodą jest niechęć do siedzenia w sieci - jakoś szkoda mi na to czasu po prostu . Za to szwendam się kiedy tylko mogę i gdzie mogę. Przez cały rok - sezon się nigdy nie kończy . Mam mnóstwo gatunków nie pooznaczanych, leżakują na dysku na zasadzie - kiedyś się za to wezmę. Mnóstwo zdjęć też straciłem wraz ze zgubionym dyskiem - teraz trzymam je w różnych miejscach. Może zimą, przy dłuższych wieczorach, trochę powrzucam danych do sieci.

[Grzegorz Banasiak]

Jacek, chylę czoła. Konsultuj GUI, wiele osób może mieć dobre pomysły, które Ci pomogą.

[Jacek Kurzawa]

Jacek, chylę czoła. Konsultuj GUI, wiele osób może mieć dobre pomysły, które Ci pomogą.

W tej sprawie chciałbym w pierwszej kolejności porozmawiać i pokazać Ci to co już jest, a najważniejsze to dobrze to przemyśleć. No i Krzysiek Jonko ma rozwiązania w lepidoptera.eu które chciałbym wdrożyć np mapa, ktora pokazuje nazwy stanowisk (API OSM) i UTM (na UTM mam materiały z czasów jeszcze darkak (mysz lesna). Na Mapy UTM podkłady mam, bo sam je robiłem, także krainy KFP, ktore były przedmiotem dyskusji. Będzie publikowanie do iNat, export do csv, a nawet ... generowanie tekstu do publikacji. To ostatnie już robiłem i tekst wychodzi z danych bardzo dobrze. Ułatwi to ten proces żmudnego pisania danych rekordów. Generowanie etykiet także jest do zrobienia w jakiejś wersji powiedzmy uproszczonej lub może generowanie czegoś do zaimportowania do Entomolabels.
Finalnie będzie to kompletne środowisko pracy.
Testy UX (UserXperience) bedą w gronie kilku osób na początek.

Poniżej przykład generowanego tekstu bezpośrednio z danych z bazy, dotyczy Krety.

[Jacek Kurzawa]

Funkcja publikacji rekordu z bazy do iNaturalist już działa. Oznacza to że właśnie stało się to, na co czekałem wiele lat i się wreszcie doczekałem - jest możliwość publikacji rekordów do GBIF.

Dowolnie wybrane rekordy z bazy można publikować zbiorczo lub pojedynczo. Warunkiem jest oczywiscie zdjęcie, bo takie są zasady iNaturalist. Natomiast sama baza może przechowywać rekordy w postaci notatek bez zdjęć a nawet Uwagi, które w każdej chwili mozna zmienić w rekord.

Na screenach mamy - autoryzację konta użytkownika w iNaturalist. Co istotne - użytkownik nie podaje w aplikacji swoich danych do logowania, jest autoryzowany w iNaturalist po przejsciu z aplikacji i nastepuje powiązanie kont. To jest rozwiązanie bezpieczniejsze niż pozostawianie w aplikacji zewnętrznej danych do logowania do iNaturalist.

Przejrzano 1265 razy

Drugi screen to rekord na liście rekordów, ktory ma spełnione warunki do publikacji w iNaturalist

Przejrzano 1265 razy

Trzeci screen to karta gatunku.

Przejrzano 1265 razy

Opublikowany rekord poleciał do iNaturalist i jest tu: https://www.inaturalist.org/observations/377228941

[Jacek Kurzawa]

W ramach testów kolejny rekord opublikowany.
Całość sprowadza się do synchronizacji słownika (napisanego "z reki" np Clytus rhamni) ze słownikiem z iNaturalist. Operacja Sync iNat jeden-klik. Potem drugi klik - Publikuj i obserwacja z bazy powędrowała do iNaturalist https://www.inaturalist.org/observations/377295580

[rysiaty]

Czy w twojej aplikacji rekordy mają adnotację, że są już upublicznione na iNat?

No i czy jeśli mówisz że

jest możliwość publikacji rekordów do GBIF.

to czy masz na myśli bezpośrednio, czy właśnie poprzez iNat?

[Jacek Kurzawa]

Czy w twojej aplikacji rekordy mają adnotację, że są już upublicznione na iNat?

No i czy jeśli mówisz że

jest możliwość publikacji rekordów do GBIF.

to czy masz na myśli bezpośrednio, czy właśnie poprzez iNat?

Jest adnotacja, link, numery id na karcie obserwacji:

Przejrzano 1229 razy

także na liście rekordów/obserwacji:

Przejrzano 1218 razy

Teraz jest GBIF przez iNat. Na tym etapie jest osiągalny przez iNaturalist. Te dane w GBIF będą więc pochodziły bezpośrednio z iNaturalist Nie jest to jeszcze publikowanie w GBIF, bo tam działa to inaczej. Jest to jedna z funkcji wpisanych do planu od samego początku - publikowanie do GBIF, bezpośrednio.

[rysiaty]

"opublikowany" --> dotyczy iNat
czy jest rubryczka "opublikowany", ale w standardowej publikacji?
To też warto sobie odhaczać
i może od razu link do pdf publikacji
większość nowych jest dostępna bezpośrednio na stronie czasopism

[Jacek Kurzawa]

czy jest rubryczka "opublikowany", ale w standardowej publikacji?
To też warto sobie odhaczać
i może od razu link do pdf publikacji
większość nowych jest dostępna bezpośrednio na stronie czasopism

Można takie pole dodać jako pola dodatkowe. Już o tym myślałem, aby zrobić możliwość dodawania przez użytkownika dowolnych pól definiowanych przez niego. Użytkownicy mają separację, więc to jest w architekturze już przewidziane. Wtedy każdy sobie doda co tam potrzebuje - numer gabloty, z kim był itd. i cokolwiek tam będzie miał na myśli w związku ze swoimi obserwacjami.
Potrzeby użytkowników są nieograniczone więc aplikacja powinna spełniać taki wymóg.

[Jacek Kurzawa]

Synchronizacja taksonów z iNaturalist

Już działa. Można zaznaczać pojedynczo lub paczkami, max 50, następuje odczyt z iNaturalist. Część taksonów ma trafienia i można je od razu zapisać, to już są gotowe do publikacji (w rozumieniu w iNat) a resztę trzeba pojedynczo rozstrzygać. To są kwestie niezgodności podgatunków, braku taksonu w iNaturalist co jest dośc częstym przypadkiem i wtedy można wybrać po prostu gatunek nominatywny.
Proces jest przedstawiony na screenach, przed chwilą to testowałem.

[Jacek Kurzawa]

Dodałem 4 rekordy jednocześnie, poszło do iNaturalist.
Są tu:
https://www.inaturalist.org/observations/377414179
https://www.inaturalist.org/observations/377414208
https://www.inaturalist.org/observations/377414250
https://www.inaturalist.org/observations/377414312

Ciekawe, jak wiele rekordów tam przybywa - te moje mimo jednoczesności wysyłki są jednak oddzielone w czasie, przesyłanie zdjęcia trwa kilka sekund. W tym czasie doszło w iNaturalist 312-179=133 rekordy. Szacunkowo przybywa tam około 2-3 rekordów na sekundę.

Screeny pokazują operację wysyłki 4 rekordów za jednym razem. Na pierwszym ekranie wybrałem 4 gotowe obserwacje.
Po kliknięciu Publikuj zaznaczone pojawia się okno z paskiem postępu, liczbą rekordów/zdjęć i prostą listą bieżących czynności, czyli użytkownik widzi, że system pracuje.

W bazie mają już status Opublikowany.


Działa, o to chodziło !

[Grzegorz Banasiak]

Słuchajcie, czy my musimy ciągle odwoływać się do iNat ? To że jest, ok, niech będzie, kto chce tam wrzucać rekordy - niech wrzuca - ale tu chodzi o aplikację do katalogowania własnych obserwacji - więc raczej prywatną. Ogólna koncepcja mi się podoba, potrzeba jest. Pewnym mankamentem będzie jej sieciowość. Gdybym wrzucił 10 tys. obserwacji ze zdjęciem to jakiego serwera potrzeba, żeby to utrzymać, kto będzie za to płacił ? A jeśli obseratorów będzie 500... 1000 ? Jak długo dane będą w bazie ? To są pytania na które trzeba sobie odpowiedzieć, bo nawet fantastyczna aplikacja zatka się przy dużej ilości danych. A może sieciowa powinna być praca w terenie a potem zrzucamy dane na lokalny komputer ?
W każdej aplikacji trzeba przeanalizować wartości minimalne i maksymalne, żeby nie było zgrzytu w przyszłości.

[Jacek Kurzawa]

Tak, 100% racji, iNat to jest tylko jedna z opcji i ta aplikacja nie służy i nie ma służyć do tego, by rekordy wypychac do iNat. Myślę zresztą o dodaniu opcji publikacji obserwacji do lepidoptera.eu, bo to też jest do zrobienia. Ogólnie kwestia opcji "publikuj w X" to jedna z opcji. Sam program służy do innego celu - do skatalogowania swoich danych - terenowych i zbioru.

Pewnym mankamentem będzie jej sieciowość. Gdybym wrzucił 10 tys. obserwacji ze zdjęciem to jakiego serwera potrzeba, żeby to utrzymać, kto będzie za to płacił ? A jeśli obserwatorów będzie 500... 1000 ? Jak długo dane będą w bazie ? To są pytania na które trzeba sobie odpowiedzieć, bo nawet fantastyczna aplikacja zatka się przy dużej ilości danych. A może sieciowa powinna być praca w terenie a potem zrzucamy dane na lokalny komputer ?
W każdej aplikacji trzeba przeanalizować wartości minimalne i maksymalne, żeby nie było zgrzytu w przyszłości.

Tak, oczywiście to jest bardzo ważna sprawa na najbliższą przyszłość. Oczywiscie bez zewnętrznego finansowania nie da się tego utrzymać. Popularność aplikacji spowodowałaby potrzebę utrzymania nie jednego serwera ale całej sieci a to rodzi ogromne koszty. Jak pozyskać takie finansowanie na utrzymania działania popularnej i użytecznej aplikacji? Myslę, że w razie takiego sukcesu problem finansowania zniknie. Można to rozgrywać na wiele sposobów. Z pewnością nie wiem jeszcze jak one działają i jak je pozyskać i na to można założyć osobny wątek.

[Jacek Kurzawa]

Aplikacja ENTOMONE ma kilka rodzajów galerii obsługujących swoje obserwacje. Galeria ostatnich obserwacji jest użyteczna, żeby sobie skontrolować obserwacje. Jest także możliwość filtrowania obserwacji za pomocą drzewa taksonów, po lewej stronie ekranu.

Aplikacja jest w fazie budowy, dlatego nie jest jeszcze dostępna.

[Jacek Kurzawa]

Prace nad aplikacją ENTOMONE posunęły się na tyle, ze już widać koniec.
Lista funkcji aplikacji jest duża, to zestaw narzędzi do pracy entomologa - notatnik terenowy (praca w terenie), mapy, generowanie map UTM, generowanie etykiet, pełna kontrola danych, zbioru. Jest możliwość pracy zespołowej, grupowej. Słowniki są połączone z Catalogue of Life, jest integracja do publikacji z iNaturalist.

Unikalną funkcją jest architektura - dane użytkownika, wszystkie rekordy i jego zdjęcia są przechowywane u użytkownika a nie na serwerze Entomone. To daje pełną prywatność danych użytkownika, który swoje dane ma u siebie na Google Dysk (czyli kopię ma u siebie w komputerze, po synchronizacji).

Tych możliwości jest naprawdę dużo. Aplikacja będzie stale rozwijana a ja jestem otwarty na pomysły i propozycje rozbudowy ENTOMONE o nowe funkcje.

Lista funkcji

• Notatnik Terenowy - mobilne dodawanie obserwacji
• Rekordy obserwacji
• Moduł Hodowla
• Media i galerie
• Wybór zapisu zdjęć JPG/JPEG
• Masowe dodawanie rekordów ze zdjęć
• Daty i notatki per medium
• Dodawanie serii rekordów z listy gatunków
• Google Drive jako prywatne miejsce przechowywania mediów
• Chmura prywatna: Google Dysk
• Konta użytkowników i dostęp
• Pola definiowane przez użytkownika
• Słowniki i taksonomia
• Integracja z iNaturalist
• Generator etykiet
• Integracja z EntomoLabels
• Mapy, GPS i UTM
• Generator Mapy UTM z podkładami
• Bazy Danych i uprawnienia
• Eksport Bazy Danych
• Pomoc i wersje językowe
• Planowane funkcje

Planowana premiera z początku sierpnia przesuwa się nam na początek września. Lista zmian jest na stronie Aktualizacje
Jeśli ktoś jest chętny do potestowania aplikacji przed premierą to proszę o kontakt [email protected] lub tel 501389138

[Przemek Zięba]

Super sprawa ! Jacku gratulacje !!

[Jacek Kurzawa]

ENTOMONE jest już prawie gotowe.
W ENTOMONE jest kilka modułów, ktore mogą przydać się nie tylko w pracy z danymi w ENTOMONE, ale także w różnych zastosowaniach, przez co ENTOMONE jest aplikacją o bardzo szerokim zastosowaniu, umożliwiającym wykorzystanie jej potencjału w codziennej pracy entomologa.

Jednym z takich modułów jest Moduł OBSZARY , który ma niektóre funkcje dostępne w QGIS. Obszary można wczytać, importować, edytować i eksportować czyli zapisywać w wielu formatach do dalszego użytko np w Mapach Google, QGIS innych aplikacjach mapowych.
Mozna zaciągnąć kontur państwa, województwa i wielu innych kategorii za pomocą serwisów OpenStreetMap, OpenPlanetData i iNaturalist.
Ciekawostką jest że granice administracyjne państw mają granice na morzu, nam bardziej potrzebna jest do pracy granica lądowa.

Obszar, na którym pracujemy, można samodzielnie narysować na mapie, mozna go pociągnąć z istniejących zbiorów danych i potem zapisać, edytować, mieć w swoim repozytorium a także podzielić się nim z innymi użytkownikami. Dzieki temu w ENTOMONE pojawić się może wszystko np granice KFP, obszary Parków Krajobrazowych itp.

Praca OBSZARAMI opisana jest w Pomocy: https://entomone.com/help.php?lang=pl&s ... lp-article

Przykłady z pomocy załączam poniżej. Tutaj pokazane są granice dwóch krajów, które można pobrać w Entomone z trzech różnych portali. W OpeenStreetMap (OSM) granice Grecji zawierają obszar morza, przez co sam kontur nie pokrywa się z kształem lądu. Kontur Grecji w OpenPlanetMaps pokrywa się z granicą lądu.

Co ciekawe Z Kretą jest inaczej - obszar Krety w OSM pokrywa się z lądem i nie zawiera obszaru morza, w OSM Krety nie ma, a w iNaturalist jest Kreta, ale zawiera obszar morza.

[Jacek Kurzawa]

Pracuję nad wizualizacją rekordów. Zaczyna to wyglądać

[Jacek Kurzawa]

Widok APLIKACJI

[GrzegorzT.]

A kiedy planowana jest oficjalna premiera?
Grzegorz

[Jacek Kurzawa]

Aplikacja zostanie oddana do użytku po testach. Przed premierą konieczne są testy użytkowników i dopiero po nich, gdy będzie pewność, że wszystko działa prawidłowo i jest zrozumiałe - będzie oficjalny start.

Zapraszam do uczestnictwa w tym etapie testowania Entomone i jego używania. Można już na tym pracować. Zgłoszenia tutaj lub email: [email protected] lub tel. 501389138 WhatsApp.

I jeszcze raz krótko o programie.
ENTOMONE to aplikacja inna niż wszystko, co dotychczas było dostępne dla entomologów. Od iNaturalist różni się tym, że nie jest serwisem społecznościowym służącym do oznaczania obserwacji. Od BioMap różni się tym, że nie jest przede wszystkim narzędziem do przekazywania danych "dalej" lecz ma służyć do zapisywania wlasnych rekordów "dla siebie". Aplikacja na całe życie dla entomologa do przechowywania jego danych, rekordów i obserwacji z wielu rozmaitych źrodeł i obszarów w jednym miejscu.

ENTOMONE to prywatna baza danych użytkownika: biblioteka rekordów, zdjęć, stanowisk i obserwacji, wyposażona w wiele narzędzi, które dotąd były rozproszone w różnych miejscach. Są tu m.in. mapy UTM, generator map, raporty, obszary GIS, szerokie możliwości importu i eksportu oraz wiele innych funkcji wspierających pracę z własnymi rekordami.

Najważniejsze jest to, że dane użytkownika pozostają prywatne. Nie są publicznie widoczne i nie służą automatycznemu przekazywaniu ich dalej. Bazy użytkowników mogą być przechowywane na ich prywatnych Dyskach Google, co zwiększa bezpieczeństwo i kontrolę nad danymi.

Użytkownik może jednak świadomie udostępniać swoje dane innym osobom, zapraszając je do wybranej Bazy Danych / Datasetu. Dzięki temu możliwa jest praca zespołowa, np. uczestnicy sympozjum lub wspólnego projektu terenowego mogą rejestrować rekordy w jednej bazie, a następnie korzystać z tych danych przy opracowaniu wyników i planowanej publikacji.

Opis możliwości ENTOMONE:
Funkcje https://entomone.com/funkcje.php
POMOC https://entomone.com/help.php
Poradnik https://entomone.com/help.php?legacy=1

[Jacek Kurzawa]

Aplikacja telefoniczna jest w przygotowaniu.

Zapraszam chętnych do testowania aplikacji Entomone na telefonie Android. Aby móc testować aplikację, trzeba posiadać konto Google @gmail.com

Zgłoszenia proszę przesyłać na email: [email protected]

[Jacek Kurzawa]

Przejrzano 319 razy

Przejrzano 319 razy

Przejrzano 319 razy

Przejrzano 319 razy

Przejrzano 319 razy

Przejrzano 319 razy

Przejrzano 319 razy

Przejrzano 319 razy

[Jacek Kurzawa]

Aplikacja na telefon w przygotowaniu. Dostepne języki to angielski i polski , zrzuty ekranowe są porobione na angielskim.

[admin]

Można się rejestrować na FORUM aplikacji Entomone

https://entomone.com/forum/

Głównym językiem jest tam angielski, ale jest też forum polskie. Wszelkie sprawy i uwagi, pomysły i propozycje, pytania o działanie proszę pisać tam

[Jacek Kurzawa]

Można się już rejestrować na FORUM aplikacji Entomone

https://entomone.com/forum/

Głównym językiem jest tam angielski, ale jest też forum polskie https://entomone.com/forum/viewforum.php?f=13
Wszelkie sprawy i uwagi, pomysły i propozycje, pytania o działanie proszę pisać tam, i tam będą wszystkie sprawy omawiane i rozwiązywane.

[Jacek Kurzawa]

Można załadować jednocześnie wiele zdjęć, które zostaną rekordami. W polach przyszłych rekordów pojawią sie współrzędne z Exif zdjecia, nazwy nie ma (w przysszłości może uda się wdrożyć ID na podstawie zdjecia).
Wdrożona została funkcja odczytywania miejscowości z mapy. To znacznie ułatwia prace, bo nie trzeba tych nazw szukac, wymyslać, lecz zostaną one naniesione do rekordów.

[Jacek Kurzawa]

Publikowanie w iNaturalist. Po powiązaniu taksonów z iNaturalist można publikować swoje wybrane rekordy w iNaturalist.
pod kontrolą mamy promień - dokładność lokalizacji, możliwość jej ukrycia, licencję i inne.